
Dwa lata po wydarzeniach przedstawionych w oryginalnej serii Soukyuu no FafnerKazuki zaczyna tracić nadzieję, że zgodnie z obietnicą Soushi powróci na wyspę Tatsumiya. Tymczasem przebudzenie Misao Kurusu, nowego rdzenia wyspy, prowadzi do wydarzeń, które zadecydują o przyszłości ludzkości oraz tajemniczej rasy Obcych, planujących ponowny atak na Ziemię.